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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k70 | |||||||||
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タイトル | The Structure of Escherichia coli Cytosine Deaminase bound to 4-Hydroxy-3,4-Dihydro-1H-Pyrimidin-2-one | |||||||||
要素 | Cytosine Deaminaseシトシンデアミナーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cytosine deaminase (シトシンデアミナーゼ) / alpha-beta barrel / hexamer (オリゴマー) / conformational change (コンフォメーション変化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / シトシンデアミナーゼ / 5-fluorocytosine deaminase activity / cytosine deaminase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / ferrous iron binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ireton, G.C. / McDermott, G. / Black, M.E. / Stoddard, B.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: The structure of Escherichia coli cytosine deaminase. 著者: Ireton, G.C. / McDermott, G. / Black, M.E. / Stoddard, B.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k70.cif.gz | 103.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k70.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k70 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | he biological assembly is a hexamer of three domain swapped dimers generated form the monomer in the asymmetric unit by the operations:-y,x-y,z;y-x,-x,z; y,x,-z;x-y,-y,-z and -x,y-x,z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47513.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25524, シトシンデアミナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-HPY / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 7.7 / PH range high: 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月8日 |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 50003 / Num. obs: 50003 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 51159 / Num. measured all: 331182 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 710238.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0446 Å2 / ksol: 0.402847 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.177 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.273 |