+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k1d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of D-hydantoinase | ||||||
要素 | D-hydantoinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / D-hydantoinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミドに作用 / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å | ||||||
データ登録者 | Cheon, Y.H. / Kim, H.S. / Han, K.H. / Abendroth, J. / Niefind, K. / Schomburg, D. / Wang, J. / Kim, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of D-hydantoinase from Bacillus stearothermophilus: insight into the stereochemistry of enantioselectivity. 著者: Cheon, Y.H. / Kim, H.S. / Han, K.H. / Abendroth, J. / Niefind, K. / Schomburg, D. / Wang, J. / Kim, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k1d.cif.gz | 674.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1k1d.ent.gz | 579.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k1d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/1k1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/1k1d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50633.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45515 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月7日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 96278 / Num. obs: 96187 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.74 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 943917 / Rmerge(I) obs: 0.138 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 60706.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4953 Å2 / ksol: 0.341808 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→19.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.263 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.431 / Rfactor Rwork: 0.401 |