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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Scapharca inaequivalvis HbI, I114M Mutant in the Absence of ligand. | ||||||
要素 | GLOBIN I - ARK SHELL | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / invertebrate (無脊椎動物) / hemoglobin (ヘモグロビン) / allostery (アロステリック効果) / cooperativity / oxygen-binding / oxygen-transport / heme protein / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Restricting the Ligand-Linked Heme Movement in Scapharca Dimeric Hemoglobin Reveals Tight Coupling between Distal and Proximal Contributions to Cooperativity. 著者: Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Mutation of Residue Phe97 to Leu Disrupts the Central Allosteric Pathway in Scapharca Dimeric Hemoglobin. 著者: Pardanani, A. / Gibson, Q.H. / Colotti, G. / Royer Jr., W.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: High Resolution Crystallographic Analysis of a Co-operative Dimeric Hemoglobin. 著者: Royer Jr., W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzm.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzm.ent.gz | 54.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the dimer found in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15984.356 Da / 分子数: 2 / 変異: I114M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQL8 / 参照: UniProt: P02213 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: Phosphate buffer, pH 8.5, Microbatch, temperature 296K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 22491 / Num. obs: 22491 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Num. unique all: 1909 / % possible all: 81.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4SDH (deoxy wild type HbI) 解像度: 1.9→26.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2037889.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.9183 Å2 / ksol: 0.342299 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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