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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ju9 | ||||||
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タイトル | HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE VAL292SER MUTANT | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Contributions of valine-292 in the nicotinamide binding site of liver alcohol dehydrogenase and dynamics to catalysis. 著者: Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: SUBSTITUTIONS IN THE FLEXIBLE LOOP OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE HINDER THE CONFORMATIONAL CHANGE AND UNMASK HYDROGEN TRANSFER 著者: Ramaswamy, S. / Park, D.H. / Plapp, B.V. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / A Jones, T. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 11 | THE RECOMBINANT ENZYME WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING 50 MM AMMMONIUM ...THE RECOMBINANT ENZYME WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING 50 MM AMMMONIUM N[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]- AMINOMETHANESULFONATE BUFFER, PH 7.0, AT 5 DEG C, WITH 10.6 MM NAD+ AND 20 MM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL AND 9% MPD OVER A RESERVOIR WITH 18 % MPD. HOWEVER, ONLY THE ADP PORTION OF NAD+ WAS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THE COORDINATES ONLY INCLUDE THE ADP. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ju9.cif.gz | 154.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ju9.ent.gz | 120 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ju9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ju9_validation.pdf.gz | 982 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ju9_full_validation.pdf.gz | 988.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ju9_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ju9_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1ju9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1ju9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1hldS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39841.223 Da / 分子数: 2 / 変異: V292S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: M64864 / 器官: LIVER / プラスミド: pBPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月18日 / 詳細: CONFOCAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28.63 Å / Num. all: 41422 / Num. obs: 41422 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.07 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 41073 / % possible obs: 90.8 % / Num. measured all: 82843 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HLD 解像度: 2→20 Å / SU B: 5.07 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: refmac 5.0 mon_lib
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.007 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 1.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |