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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jop | ||||||
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タイトル | YHCH protein (HI0227) | ||||||
要素 | Yhch protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / beta-sandwich / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of the bacterial YhcH protein indicates a role in sialic acid catabolism. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Toedt, J. / Galperin, M.Y. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jop.cif.gz | 126.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jop.ent.gz | 99.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/1jop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/1jop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17691.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44583 #2: 化合物 | ChemComp-HG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0053, 1.0087 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月17日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 19314 / Num. obs: 19314 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1262 / Rsym value: 0.142 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.14 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rwork: 0.241 / Total num. of bins used: 15 |