PDB-1j0f: Solution Structure of the SH3 Domain Binding Glutamic Acid-rich P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j0f

タイトル

Solution Structure of the SH3 Domain Binding Glutamic Acid-rich Protein Like 3

要素

SH3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 3

キーワード

structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / thioredoxin fold / SH3BGR / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeleton organization / ruffle membrane /

nuclear body /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Miyamoto, K. / Kigawa, T. / Koshiba, S. / Kobayashi, N. / Tochio, N. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the SH3 Domain Binding Glutamic Acid-rich Protein Like 3
著者: Miyamoto, K. / Kigawa, T. / Koshiba, S. / Kobayashi, N. / Tochio, N. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2002年11月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 650

HELIX Determination method: author determined

Remark 700

SHEET Determination method: author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j0f.cif.gz	597.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j0f.ent.gz	499.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g2p-1 5u64-d 4j6m-6 4j6j-1 4nob-d 6yi2-d 4g96-1 2ebw-d 1s56-1 2la4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007010558.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SH3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 3

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	SH3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 3 分子量: 11061.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 1110004L05 / プラスミド: P020401-39 / 参照: UniProt: Q91VW3

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D TROSY HNCO

-
試料調製

詳細	内容: 1.2mM SH3BGR U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.613	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.6	P.Guentert	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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