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万見
- PDB-1iyy: NMR STRUCTURE OF Gln25-RIBONUCLEASE T1, 24 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyy
タイトルNMR STRUCTURE OF Gln25-RIBONUCLEASE T1, 24 STRUCTURES
要素RIBONUCLEASE T1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / ENDORIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / リボヌクレアーゼ / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synthetic ribonuclease T1 gene from Aspergillus oryzae / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Hatano, K. / Kojima, M. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K.
引用
ジャーナル: Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Determination of the NMR structure of Gln25-ribonuclease T1.
著者: Hatano, K. / Kojima, M. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K.
#1: ジャーナル: J. Biochem. / 年: 1995
タイトル: Effects of replacement of Lys25 with Gln on the conformation of ribonuclease T1: sequence-specific 1H NMR resonance assignments of Gln25 ribonuclease T1 by two-dimensional NMR spectroscopy.
著者: Kojima, M. / Miyano, H. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K.
履歴
登録2002年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0941
ポリマ－11,0941
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5960 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 / / GUANYLORIBONUCLEASE / RNASE T1


分子量: 11093.644 Da / 分子数: 1 / 変異: K25Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NUJ9, UniProt: P00651*PLUS, EC: 3.1.27.3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: Structures were refined by 1340 NOES (392 INTRARESIDUE, 384 SEQUENTIAL AND 564 LONG-RANGE NOES) using A DG/SA protocol. 37 assignments for 14 CHI-1 ANGLE, 21 PHI ANGLE AND 2 OMEGA ANGLE ...Text: Structures were refined by 1340 NOES (392 INTRARESIDUE, 384 SEQUENTIAL AND 564 LONG-RANGE NOES) using A DG/SA protocol. 37 assignments for 14 CHI-1 ANGLE, 21 PHI ANGLE AND 2 OMEGA ANGLE constraints were included during the course of the refinement.

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試料調製

詳細内容: 2mM Ribonuclease T1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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