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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iy8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Levodione Reductase | ||||||
要素 | LEVODIONE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leifsonia aquatica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sogabe, S. / Fukami, T. / Shiratori, Y. / Yoshizumi, A. / Wada, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003 タイトル: The Crystal Structure and Stereospecificity of Levodione Reductase from Corynebacterium aquaticum M-13 著者: Sogabe, S. / Yoshizumi, A. / Fukami, T. / Shiratori, Y. / Shimizu, S. / Takagi, H. / Nakamori, S. / Wada, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iy8.cif.gz | 402.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iy8.ent.gz | 328.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1iy8_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1iy8_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1iy8_validation.xml.gz | 81.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1iy8_validation.cif.gz | 108.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/1iy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/1iy8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2hsdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27945.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leifsonia aquatica (バクテリア) / 株: M-13 / プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBG2 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG MME 2000, magnesium chloride, MPD, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 261092 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / % possible all: 83.2 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 1031771 / Rmerge(I) obs: 0.081 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.7 % / Rmerge(I) obs: 0.263 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HSD 解像度: 1.6→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.1 Å | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 16602 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.218 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.534 | ||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.254 |