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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iud | |||||||||
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タイトル | MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN INSERTION/DELETION MUTANT WITH AN INSERTED B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS | |||||||||
要素 | MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN MALE-B133 | |||||||||
キーワード | HYBRID PROTEIN / PRES2 EPITOPE ANTIGEN VIRUS / VIRAL EPITOPE INSERTION / SUGAR TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B. / Lema, F. / Bentley, G.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of a recombinant form of the maltodextrin-binding protein carrying an inserted sequence of a B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus. 著者: Saul, F.A. / Vulliez-le Normand, B. / Lema, F. / Bentley, G.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iud.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iud.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iud | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41807.199 Da / 分子数: 1 変異: INSERTED B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MALE-B133 / プラスミド: PD1 / 遺伝子 (発現宿主): MALE-B133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | MALE-B133 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MBP) ...MALE-B133 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 11201 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % / Num. unique obs: 1108 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WILD-TYPE MALTOSE-BINDING PROTEIN 解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2 詳細: RESIDUES GLU 171 - GLY 174 HAVE WEAK ELECTRON DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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