+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1isq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pyrococcus furiosus PCNA complexed with RFCL PIP-box peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Toroidal trimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp loader activity / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA複製 / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Matsumiya, S. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Cells / 年: 2002 タイトル: Physical interaction between proliferating cell nuclear antigen and replication factor C from Pyrococcus furiosus 著者: Matsumiya, S. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1isq.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1isq.ent.gz | 44.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1isq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1ge8S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The second and third parts of the biological assembly are generated by the three-fold axis: -y, x-y, z and y-x+1, -x+1, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28018.215 Da / 分子数: 1 / 変異: M73L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) プラスミド: pET-21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O73947 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1367.654 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal PIP-box region / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to the residues 469-479 of Pyrococcus furiosus replication factor C large subunit. 参照: GenBank: 6539526, UniProt: Q9UWR2*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2001年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13871 / Num. obs: 13871 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 41.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 1377 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 13867 / 冗長度: 4.4 % / Num. measured all: 60038 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1GE8 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.192 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2913 / Rfactor Rwork: 0.2348 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3119 / Rfactor Rwork: 0.2575 |