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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ir9 | ||||||
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タイトル | IM mutant of lysozyme | ||||||
要素 | lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Egg white (卵白) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ohmura, T. / Ueda, T. / Hashimoto, Y. / Imoto, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2001 タイトル: Tolerance of point substitution of methionine for isoleucine in hen egg white lysozyme. 著者: Ohmura, T. / Ueda, T. / Hashimoto, Y. / Imoto, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ir9.cif.gz | 37 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ir9.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ir9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1ir9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1ir9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14349.199 Da / 分子数: 1 / 変異: I98M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white卵白 / プラスミド: PAM82 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: NaCl, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 8835 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 89.3 % / Num. measured all: 49111 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.173 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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