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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iql | ||||||
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タイトル | Human coagulation factor Xa in complex with M54476 | ||||||
要素 | (coagulation Factor Xa第X因子) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / BLOOD COAGULATION FACTOR / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 第X因子 / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...第X因子 / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / 凝固・線溶系 / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / 小胞体 / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Shiromizu, I. / Matsusue, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Factor Xa Specific Inhibitor that Induces the Novel Binding Model in Complex with Human Fxa 著者: Matsusue, T. / Shiromizu, I. / Okamoto, A. / Nakayama, K. / Nishida, H. / Mukaihira, T. / Miyazaki, Y. / Saitou, F. / Morishita, H. / Ohnishi, S. / Mochizuki, H. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution 著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition 著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Autoproteolysis or Plasmin-Mediated Cleavage of Factor Xaalpha Exposes a Plasminogen Binding Site and Inhibits Coagulation 著者: Pryzdial, E.L. / Kessler, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iql.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iql.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/1iql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/1iql | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26604.297 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain, catalytic domain (residues 235-469) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, 第X因子 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10533.713 Da / 分子数: 1 断片: light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179) 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, 第X因子 |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-XMJ / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG1500, calcium chloride, M54476, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 7552 / % possible obs: 82.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.121 / % possible all: 63.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 13771.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 61.5625 Å2 / ksol: 0.515516 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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