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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ieb | |||||||||
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タイトル | HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN | |||||||||
要素 | (MHC CLASS II I-EK) x 2 | |||||||||
キーワード | HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II antigen presentation / positive regulation of memory T cell differentiation / polysaccharide binding / immunoglobulin mediated immune response / 免疫シナプス / T cell receptor binding / 認識 / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / 獲得免疫系 / リソソーム / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Fremont, D.H. / Hendrickson, W.A. / Marrack, P. / Kappler, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1996 タイトル: Structures of an MHC class II molecule with covalently bound single peptides. 著者: Fremont, D.H. / Hendrickson, W.A. / Marrack, P. / Kappler, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ieb.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ieb.ent.gz | 140.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ieb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ieb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ieb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE ARE TWO HETERODIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT RELATED BY AN APPROXIMATE TWO-FOLD AXIS. MOLECULE 1 : ALPHA CHAIN - RESIDUES A 1 THROUGH A 182 : BETA CHAIN - RESIDUES B 4N THROUGH B 188 : SUGARS - RESIDUES A 1, A 2, B 3 MOLECULE 2 : ALPHA CHAIN - RESIDUES C 1 THROUGH A 182 : BETA CHAIN - RESIDUES D 4N THROUGH B 188 : SUGARS - RESIDUES C 4, C 5, D 6 WATERS : 1 THROUGH 159 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22324.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WITH COVALENTLY BOUND HSP70 PEPTIDE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P01904 #2: タンパク質 | 分子量: 26307.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WITH COVALENTLY BOUND HSP70 PEPTIDE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q31164 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THIS ENTRY CONTAINS COORDINATES FOR THE EXTRACELLULAR DOMAINS OF THE MURINE MHC CLASS II MOLECULE I- ...THIS ENTRY CONTAINS COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.2 詳細: 18% PEG 4000, 2% EG, 200MM A.S, 100MM CITRATE PH 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9789 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 29069 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.95 % / Rsym value: 0.087 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 85623 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IEA 解像度: 2.7→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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