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万見
- PDB-1idu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEROXIDE FORM OF THE VANADIUM-CONTAINING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PEROXIDE FORM OF THE VANADIUM-CONTAINING CHLOROPEROXIDASE FROM CURVULARIA INAEQUALIS
要素VANADIUM CHLOROPEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Two four-helix bundles / peroxide derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


クロライドペルオキシダーゼ / chloride peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle ...Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Vanadium chloroperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Curvularia inaequalis (菌類)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Messerschmidt, A. / Prade, L. / Wever, R.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Implications for the catalytic mechanism of the vanadium-containing enzyme chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis by X-ray structures of the native and peroxide form.
著者: Messerschmidt, A. / Prade, L. / Wever, R.
履歴
登録2001年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANADIUM CHLOROPEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7182
ポリマ－67,6031
非ポリマー1151
水10,881604
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.950, 129.950, 111.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2024-

HOH

21A-2031-

HOH

詳細The biologically active molecule is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 VANADIUM CHLOROPEROXIDASE / VCPO / VANADIUM CHLORIDE PEROXIDASE


分子量: 67603.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Curvularia inaequalis (菌類)
株: STRAIN 102.42 FROM CENTRAAL BUREAU VOR SCHIMMELCULTURES (CBS, BAARN, THE NETHERLANDS)
参照: UniProt: P49053, クロライドペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl; protein drop: 7.5 microliter protein solution (8.7 mg/ml), 1 mM Na3VO4 plus 2.5 microliter reservoir solution. The peroxide complex was ...詳細: Reservoir: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl; protein drop: 7.5 microliter protein solution (8.7 mg/ml), 1 mM Na3VO4 plus 2.5 microliter reservoir solution. The peroxide complex was produced by soaking the crystals in mother liquor (2M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-H2SO4, pH 8.0), containing 20 mM peroxide, for two hours and then flash cooled., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.5 mg/mlprotein1drop
23.75 mMMops1drop
30.75 M1dropNa3VO4
40.375 Mammonium sulfate1drop
50.025 MTris-HCl1drop
60.005 %1dropNaN3
71.6 Mammonium sulfate1reservoir
80.1 MTris-HCl1reservoir
90.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月23日 / 詳細: Graphite monochromator
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→33.84 Å / Num. all: 33853 / Num. obs: 29878 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.34 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 3750 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 40.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 102166
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 40.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4:SFCALCモデル構築
FFTモデル構築
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
SFCALC位相決定
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1VNC

1vnc


解像度: 2.24→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.177 --
all-33172 -
obs-29291 88.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.13 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 5 604 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.605
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.24-2.340.2972X-RAY DIFFRACTION3685
2.34-2.460.2393X-RAY DIFFRACTION3741
2.46-2.610.213X-RAY DIFFRACTION3705
2.61-2.80.1978X-RAY DIFFRACTION3713
2.8-3.070.1739X-RAY DIFFRACTION3673
3.07-3.480.1517X-RAY DIFFRACTION3676
3.48-4.270.1261X-RAY DIFFRACTION3584
4.27-80.1601X-RAY DIFFRACTION3514
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.17
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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