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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i96 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH THE TRANSLATION INITIATION FACTOR IF3 (C-TERMINAL DOMAIN) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / 30S ribosome / translation initiation factor / IF3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation initiation factor activity / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding ...translation initiation factor activity / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Pioletti, M. / Schluenzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluehmann, M. / Avila, H. / Bartels, H. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3. 著者: Pioletti, M. / Schlunzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluhmann, M. / Avila, H. / Bashan, A. / Bartels, H. / Auerbach, T. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000 タイトル: Structure of Functionally Activated Small Ribosomal Subunit at 3.3 A Resolution 著者: Schluenzen, F. / Tocilj, A. / Zarivach, R. / Harms, J. / Gluehmann, M. / Janell, D. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i96.cif.gz | 858 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i96.ent.gz | 638.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i96 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 29186.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446664, UniProt: P80371*PLUS |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26619.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446666, UniProt: P80372*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15886.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13446668, UniProt: P80374*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 13606.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 14506.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 12056104, UniProt: Q5SJH3*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 12144.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P24321, UniProt: P0DOY7*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 10113.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 11604.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 11125387, UniProt: Q5SIH3*PLUS |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AV
#1: RNA鎖 | 分子量: 491510.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 155076 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 10359.255 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 13508846, UniProt: Q5SKU2*PLUS |
-非ポリマー , 3種, 89分子
#23: 化合物 | ChemComp-MG / #24: 化合物 | ChemComp-WO2 / #25: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.24 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: or 19 degrees centigrade | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 4.2→35 Å / Num. all: 83090 / Num. obs: 83090 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 4.2→4.27 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 69.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 4.2→35 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: none
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→35 Å
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