ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1247563.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.282 | 6834 | 9.5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.262 | - | - | - |
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obs | 0.264 | 71758 | 88.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.49 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.82 Å2 | -0.69 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.82 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 7.64 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.21 Å | 0.2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.57 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2498 | 0 | 12 | 155 | 2665 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.74 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.337 | 898 | 9.1 % |
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Rwork | 0.344 | 9019 | - |
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obs | - | - | 73.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | FES.PARAMFES.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER.PARAM | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.255 / Rfactor Rfree: 0.278 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.74 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 9.1 % / Rfactor Rwork: 0.344 |
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