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- PDB-1hwt: STRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hwt
タイトルSTRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC DNA BINDING BY A HOMODIMERIC PROTEIN
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
  • PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
キーワードGENE REGULATION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / ASYMMETRY / GAL4 / COMPLEX ACTIVATOR-DNA / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain ...Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / イレギュラー / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Heme-responsive zinc finger transcription factor HAP1 / Heme-responsive zinc finger transcription factor HAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者King, D.A. / Zhang, L. / Guarente, L. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of a HAP1-DNA complex reveals dramatically asymmetric DNA binding by a homodimeric protein.
著者: King, D.A. / Zhang, L. / Guarente, L. / Marmorstein, R.
履歴
登録1998年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
C: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
D: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
G: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
H: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,62817
ポリマ－63,0408
非ポリマー5899
水1,04558
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
C: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
D: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8479
ポリマ－31,5204
非ポリマー3275
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
G: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
H: PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7818
ポリマ－31,5204
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.600, 85.700, 94.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995828, 0.056911, 0.071327), (0.077273, 0.110232, 0.990897), (0.048531, 0.992275, -0.114169)
ベクター: 16.938, 13.784, -17.15)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3') / UAS CYC7


分子量: 6099.952 Da / 分子数: 2 / 断片: UPSTREAM ACTIVATION SEQUENCE / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*C)-3') / UAS CYC7


分子量: 6167.018 Da / 分子数: 2 / 断片: UPSTREAM ACTIVATION SEQUENCE / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
#3: タンパク質
PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN) / HAP1 / CYP1 ACTIVATORY PROTEIN


分子量: 9626.401 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BWG-1-7A-DCYC1 / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LYSS / 参照: UniProt: P12351, UniProt: P0CS82*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.3 MM PROTEIN, 0.4 MM DNA DUPLEX, 5% PEG 2000, 100 MM KCL 5 MM MGCL2, 0.1 MM CO(NH3)6CL3, 25 MM MES (PH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCL11
2MGCL211
3[CO(NH3)6]CL311
4MES11
5PEG 200011
6PEG 200012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.3 mMprotein1drop
20.4 mMDNA duplex1drop
35 %PEG20001drop
4100 mM1dropKCl
55 mM1dropMgCl2
60.1 mM1dropCo(NH3)6Cl3
725 mMMES1drop
810 %PEG20001reservoir
9200 mM1reservoirKCl
1010 mM1reservoirMgCl2
110.2 mM1reservoirCo(NH3)6Cl3
1250 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 23274 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.083
反射
*PLUS
% possible obs: 91.6 % / Num. measured all: 41241 / Rmerge(I) obs: 0.083

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HAP1_18

解像度: 2.5→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2098 10 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 20768 82.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 1628 9 58 4062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Weight Biso Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION1.3321300
22X-RAY DIFFRACTION0.9591300
33X-RAY DIFFRACTION1.3391300
44X-RAY DIFFRACTION1.1331300
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 219 10 %
Rwork0.317 1975 -
obs--83.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.ZNCTOPH.ZNC
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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