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- PDB-1hr0: CRYSTAL STRUCTURE OF INITIATION FACTOR IF1 BOUND TO THE 30S RIBOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hr0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INITIATION FACTOR IF1 BOUND TO THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S RIBOSOMAL RNA16SリボソームRNA
  • FRAGMENT OF MESSENGER RNA
  • TRANSLATION INITIATION FACTORInitiation factor
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 30S / RIBOSOMAL SUBUNIT (リボソーム) / INITIATION FACTOR / IF1
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / ribosome binding / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic ...translation initiation factor activity / ribosome binding / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-1 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 ...Translation initiation factor IF-1 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S14, type Z / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Few Secondary Structures / イレギュラー / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein Thx / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Translation initiation factor IF-1 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier using 30S as starting model / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Carter, A.P. / Clemons Jr., W.M. / Brodersen, D.E. / Morgan-Warren, R.J. / Wimberly, B.T. / Ramakrishnan, V.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an initiation factor bound to the 30S ribosomal subunit.
著者: Carter, A.P. / Clemons Jr., W.M. / Brodersen, D.E. / Morgan-Warren, R.J. / Hartsch, T. / Wimberly, B.T. / Ramakrishnan, V.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: The Structure of the 30S Ribosomal Subunit
著者: Wimberly, B.T. / Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Morgan-Warren, R. / Carter, A.P. / Vonrhein, C. / Hartsch, T. / Ramakrishnan, V.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Functional Insights from the Structure of the 30S Ribosomal Subunit and its Interactions with Antibiotics
著者: Carter, A.P. / Clemons Jr., W.M. / Brodersen, D.E. / Morgan-Warren, R.J. / Mimberly, B.T. / Ramakrishnan, V.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of a Bacterial 30S Ribosomal Subunit at 5.5A Resolution
著者: Clemons Jr., W.M. / May, J.L.C. / Wimberly, B.T. / Mccutcheon, J.P. / Capel, M.S. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録2000年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
X: FRAGMENT OF MESSENGER RNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
V: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
W: TRANSLATION INITIATION FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)795,15490
ポリマ－793,44323
非ポリマー1,71167
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)399.581, 399.581, 176.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AX

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 155076
#2: RNA鎖 FRAGMENT OF MESSENGER RNA


分子量: 1790.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80371*PLUS
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80372*PLUS
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80373
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 /


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P17291
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 /


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80374*PLUS
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 /


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 /


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJH3*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 /


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: EMBL: 673503, UniProt: P0DOY7*PLUS
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 /


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 /


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80380*PLUS
#22: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / リボソーム


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 W

#23: タンパク質 TRANSLATION INITIATION FACTOR / Initiation factor


分子量: 8116.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: T7 EXPRESSION SYSTEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHR1*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 67分子

#24: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#25: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% MPD, 25 mM magnesium Acetate, 200 mM KCl, 75 mM NH4Cl, 100 mM K-Cacodylate, pH 6.50. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277 K Initiation factor 1 soaked into pre-formed crystals.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NH4Cl11
2KCl11
3magnesium acetate11
4potasium cacodylate11
5MPD11
6NH4Cl12
7KCl12
8magnesium acetate12
9potasium cacodylate12
10MPD12
11initiation factor 113
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: unknown / 詳細: Wimberly, B.T., (2000) Nature, 407, 327.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式詳細Sol-ID
1250 mM1KCl
275 mM1NH4Cl
325 mM1MgCl2
46 mM2-mercaptoethanol1
50.1 M potassium cacodylate1or 0.1M MES
613-17 %MPD11
71
81
91
101
111

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93951
20.931
反射解像度: 3.2→29.8 Å / Num. all: 227537 / Num. obs: 854384 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 75.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 21572 / % possible all: 92.2
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Num. obs: 227537 / Num. measured all: 854384 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier using 30S as starting model
開始モデル: 1FJF

1fjf
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.2→28.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: PROTEINS: ENGH & HUBER, RNA: PARKINSON AT AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 10725 4.4 %RANDOM
Rwork0.2178 ---
all0.22 212803 --
obs0.22 212803 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS MASK MODEL / Bsol: 69.65 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 75.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19799 32499 67 0 52365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.247
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3412 972 5.3 %
Rwork0.3073 14376 -
obs--80.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.54
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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