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- PDB-1hc0: structure of lysozyme with periodate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hc0
タイトルstructure of lysozyme with periodate
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Ondracek, J. / Jursik, F. / Brynda, J. / Rezacova, P. / Sedlacek, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Regular Arrangement of Periodates Bound to Lysozyme.
著者: Ondracek, J. / Weiss, M.S. / Brynda, J. / Fiala, J. / Jursik, F. / Rezacova, P. / Jenner, L.B. / Sedlacek, J.
履歴
登録2001年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22016年12月14日Group: Data collection / Other
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,63612
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,30411
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.765, 77.765, 37.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
モデル数10
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1109-

HOH

21A-8131-

HOH

32A-1108-

HOH

42A-8131-

HOH

53A-1108-

HOH

63A-8131-

HOH

74A-1106-

HOH

84A-8131-

HOH

95A-1103-

HOH

105A-8131-

HOH

116A-1099-

HOH

126A-8131-

HOH

137A-1098-

HOH

147A-8131-

HOH

158A-1097-

HOH

168A-8131-

HOH

179A-1097-

HOH

189A-1190-

HOH

199A-8131-

HOH

2010A-1096-

HOH

2110A-1164-

HOH

2210A-8131-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D 4 / GAL D IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: SOAKED AT PERIODATE, pH 4.50

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 13140 / % possible obs: 70 % / Rsym value: 0.0623 / Net I/σ(I): 5.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
HKL1998データ削減
HKLV. 1998データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.82→8 Å / Num. parameters: 4966 / Num. restraintsaints: 4268 / 交差検証法: FREE R HHSR MODIFICATION / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.16 10310 --
obs--99.7 %-
Rfree---RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1166.19
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 11 220 1225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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