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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h3f | ||||||
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タイトル | Tyrosyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with tyrosinol | ||||||
要素 | TYROSYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE (アミノアシルtRNA合成酵素) / ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR)->AMP + PPI + L-TYROSYL-TRNA(TY CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cusack, S. / Yaremchuk, A. / Kriklivyi, I. / Tukalo, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Class I Tyrosyl-tRNA Synthetase Has a Class II Mode or tRNA Recognition 著者: Yaremchuk, A. / Kriklivyi, I. / Tukalo, M. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h3f.cif.gz | 171.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h3f.ent.gz | 142.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48786.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83453, チロシンtRNAリガーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYTIC ACTIVITY: ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR) = AMP + DIPHOSPHATE + L-TYROSYL-TRNA(TYR). ...CATALYTIC ACTIVITY: ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR) = AMP + DIPHOSPHAT | 配列の詳細 | UNMODELLED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.8 詳細: 12MG/ML PROTEIN IN 1:1 RATIO WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 50MM MES(PH5.8), 10MM MGCL2, 0.5MM DDT, pH 5.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 70951 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 84.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 464280 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: T. THERMOPHILUS TYROSYL-TRNA SYNTHETASE PREVIOUSLY DETERMINED BY SIRAS BY SAME AUTHORS 解像度: 2→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1834546.75 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: CHAIN A RESIDUES 1-4, 80-100 AND 348-351 AND CHAIN B RESIDUES 1-4, 84-96 AND 345-352 WERE UNMODELED DUE TO DISORDER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.6936 Å2 / ksol: 0.38785 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 3557 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.28 |