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- PDB-1h2b: Crystal Structure of the Alcohol Dehydrogenase from the Hyperther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2b
タイトルCrystal Structure of the Alcohol Dehydrogenase from the Hyperthermophilic Archaeon Aeropyrum pernix at 1.65A Resolution
要素ALCOHOL DEHYDROGENASEアルコールデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ARCHAEA (古細菌) / HYPERTHERMOPHILE (超好熱菌) / ALCOHOL DEHYDROGENASE OXIDOREDUCTASE / ZINC (亜鉛)
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / NAD-dependent alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種AEROPYRUM PERNIX (アエロピュルム・ペルニクス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Guy, J.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The structure of an alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum pernix.
著者: Guy, J.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a Novel Alcohol Dehydrogenase from the Hyperthermophilic Archaeon Aeropyrum Pernix.
著者: Guy, J.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2002年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,18411
ポリマ－79,2412
非ポリマー1,9429
水11,890660
1
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,36822
ポリマ－158,4834
非ポリマー3,88518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.661, 103.186, 67.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.11131, 0.99372, 0.0112), (0.99378, -0.11132, 0.00044), (0.00169, 0.01108, -0.99994)
ベクター: 89.60703, -99.9311, -39.25529)

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要素

#1: タンパク質 ALCOHOL DEHYDROGENASE / アルコールデヒドロゲナーゼ


分子量: 39620.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AEROPYRUM PERNIX (アエロピュルム・ペルニクス)
プラスミド: PTRC 99 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y9P9, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸 / カプリル酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BIOLOGICALLY ACTIVE UNIT IS TETRAMERIC. REQUIRES ZN COFACTOR FOR ENZYMATIC ACTIVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 6.75 / 詳細: pH 6.75
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMPIPES1reservoirpH6.75
213-16 %(w/v)PEG6001reservoir
30.5 mMNADH1reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0704
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→15 Å / Num. obs: 1008062 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 95.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.62 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 88078 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
MOLREP位相決定
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1HSZ

1hsz


解像度: 1.62→15 Å / SU B: 1.546 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20334 1759 2 %RANDOM
Rwork0.16757 ---
obs0.16829 86079 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5302 0 113 660 6075
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2033 / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.746
X-RAY DIFFRACTIONplane_restr0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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