+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h1w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution crystal structure of the human PDK1 catalytic domain | ||||||
要素 | 3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE / PKA / AGC KINASE ACTIVATION / PIF-POCKET / PI3-KINASE SIGNALLING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell projection / peptidyl-threonine phosphorylation / calcium-mediated signaling / negative regulation of protein kinase activity / cellular response to insulin stimulus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of TP53 Degradation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / positive regulation of angiogenesis / PIP3 activates AKT signaling / cell migration / Downstream TCR signaling / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Biondi, R.M. / Komander, D. / Thomas, C.C. / Lizcano, J.M. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: High Resolution Crystal Structure of the Human Pdk1 Catalytic Domain Defines the Regulatory Phosphopeptide Docking Site 著者: Biondi, R.M. / Komander, D. / Thomas, C.C. / Lizcano, J.M. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h1w.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1h1w.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h1w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h1w_validation.pdf.gz | 809 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1h1w_full_validation.pdf.gz | 813 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h1w_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h1w_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ydbS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33452.469 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 71-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVATION LOOP PHOSPHORYLATION (SER241) / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF21 参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS/HCL PH 8.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 16.6 MM ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: THIN DIAMOND CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 27643 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. measured all: 77315 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YDB 解像度: 2→24.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2010867.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.6939 Å2 / ksol: 0.380238 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|