PDB-1h14: Structure of a cold-adapted family 8 xylanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h14

タイトル

Structure of a cold-adapted family 8 xylanase

要素

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

キシラナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / XYLAN DEGRADATION /

PSYCHROPHILIC (好冷生物) / COLD ADAPTATION / TEMPERATURE /

GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / FAMILY 8

機能・相同性

機能・相同性情報

セルラーゼ /

cellulase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANKTIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Van Petegem, F. / Collins, T. / Meuwis, M.A. / Feller, G. / Gerday, C. / Van Beeumen, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Structure of a Cold-Adapted Family 8 Xylanase at 1.3 A Resolution: Structural Adaptations to Cold and Investigation of the Active Site
著者: Van Petegem, F. / Collins, T. / Meuwis, M.A. / Gerday, C. / Feller, G. / Van Beeumen, J.

履歴

登録	2002年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h14.cif.gz	96.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h14.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h12C 1h13C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b4f-d 1xwq-d 1h12-d 1h13-d 2a8z-d 1xwt-d 3uar-1 1zy7-2 3a9b-d 4x0v-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.087, 90.891, 98.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE / キシラナーゼ分子量: 46023.781 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANKTIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RJN8, キシラナーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CHAIN A ENGINEERED MUTATION FROM ASP 165 ASN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
解説: CRYO-ANNEALING LOWERS THE MOSAICITY AND INCREASES THE RESOLUTION LIMIT.

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: TAKE 2 - 10 MG/ML PROTEIN IN 20MM MOPS,50MM NACL, 2% TREHALOSE, PH 7.5, ADD EQUAL VOLUME OF 70% MPD, 0.1M PHOSPHATE BUFFER PH 7.0 IN A HANGING DROP EXPERIMENT AT 4 DEGREES CENTIGRADE. SUCCESS RATE 1/20

結晶化

*PLUS

pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Van Petegem, F., (2002) Acta Crystallogr., D58, 1494.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	2 mg/ml	protein	1	drop
2	70 %	MPD	1	reservoir
3	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 74080 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.21
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 95.3
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all*: 479600
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs*: 95.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WILD TYPE

解像度: 1.5→65.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.419 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	3721	5 %	RANDOM
R_work	0.143	-	-	-
obs	0.145	70042	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→65.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3217	0	0	356	3573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.021	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.167	1.906	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.689	3	6523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.688	3	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.174	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.3	710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.3	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.381	0.5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.275	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.828	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.174	1.5	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.972	2	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.943	3	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.27	4.5	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.214	273
R_work	0.195	4997

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.1707 / R_factor R_work: 0.1433

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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