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万見

- PDB-1grq: CHLORAMPHENICOL PHOSPHOTRANSFERASE IN COMPLEX WITH P-AMINO-CHLORA... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 1grq

タイトル

CHLORAMPHENICOL PHOSPHOTRANSFERASE IN COMPLEX WITH P-AMINO-CHLORAMPHENICOL FROM STREPTOMYCES VENEZUELAE

要素

CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

KINASE (キナーゼ) /

ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) /

PHOSPHORYLATION (リン酸化) / MONONUCLEOTIDE BINDING FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） /

kinase activity /

リン酸化 / response to antibiotic /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Structural Basis for Chloramphenicol Tolerance in Streptomyces Venezuelae by Chloramphenicol Phosphotransferase Activity
著者: Izard, T.

履歴

登録	2001年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1grq.cif.gz	45.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1grq.ent.gz	32.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1grq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/1grq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/1grq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1grrC 1qhnS 1qhs 1qhx 1qhy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qhs-1 1qhx-1 1qhn-1 1qhy-1 1grr-1 6hyt-1 6izx-d 6izz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	38_555	-y+1/4,-x+1/4,-z+1/4	1
crystal symmetry operation	26_555	-x,-y+1/2,z	1
crystal symmetry operation	13_455	y-1/4,x+1/4,-z+1/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.000, 200.000, 200.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

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要素

#1: タンパク質	CHLORAMPHENICOL 3-O PHOSPHOTRANSFERASE / CHLORAMPHENICOL PHOSPHOTRANSFERASE / CPT 分子量: 18834.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア) / 株: ISP5230 / 参照: UniProt: Q56148
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CLK / ALPHA-N-DICHLOROACETYL-P-AMINOPHENYLSERINOL / (1R,2R)-1-(4-アミノフェニル)-2-(ジクロロアセチルアミノ)-1,3-プロパンジオ-ル分子量: 293.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄Cl₂N₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶

マシュー密度: 8.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 86 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	50 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.5
2	0.4 M	ammonium sulfate	1	drop
3	7.5 mg/ml	protein	1	drop
4	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.
5	1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
6	4 %	acetonitrile	1	reservoir
7	2 mM	ligand	1	reservoir

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 370300 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.1 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 48.8
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.298 / % possible all: 0.6
反射	PLUS Num. obs: 14719 / Num. measured all*: 370300
反射シェル	PLUS % possible obs*: 59.3 %

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	0.5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QHN

解像度: 2.9→99 Å / R_factor R_free error: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.297	723	5 %	RANDOM
R_work	0.278	-	-	-
obs	0.278	14463	45 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.43 Å / Luzzati sigma a free: 0.49 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1320	0	23	92	1435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.08 Å / R_factor R_free error: 0.051 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.463	81	5 %
R_work	0.438	1726	-
obs	-	-	71.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	CLM.PAR
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 45 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.7

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor obs: 0.438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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