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万見
- PDB-1gm5: Structure of RecG bound to three-way DNA junction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gm5
タイトルStructure of RecG bound to three-way DNA junction
要素
  • DNA (5'-(*CP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP* CP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP* TP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')
  • RECG
キーワードHELICASE (ヘリカーゼ) / REPLICATION RESTART
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / ヘリカーゼ / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA修復 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RecG, N-terminal domain / ATP-dependent DNA helicase RecG / RecG, N-terminal antiparallel four helix bundle / RecG, wedge domain / RecG, N-terminal domain superfamily / RecG N-terminal helical domain / RecG wedge domain / ATP-dependent DNA helicase RecG, domain 3, C-terminal / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...RecG, N-terminal domain / ATP-dependent DNA helicase RecG / RecG, N-terminal antiparallel four helix bundle / RecG, wedge domain / RecG, N-terminal domain superfamily / RecG N-terminal helical domain / RecG wedge domain / ATP-dependent DNA helicase RecG, domain 3, C-terminal / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Nucleic acid-binding proteins / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helicase conserved C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase RecG
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Singleton, M.R. / Scaife, S. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural Analysis of DNA Replication Fork Reversal by Recg
著者: Singleton, M.R. / Scaife, S. / Wigley, D.B.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECG
X: DNA (5'-(*CP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP* CP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*A)-3')
Y: DNA (5'-(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP* TP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')
Z: DNA (5'-(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5366
ポリマ－105,0854
非ポリマー4522
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.704, 144.602, 84.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RECG


分子量: 90059.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9WY48

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DNA鎖 , 3種, 3分子 XYZ

#2: DNA鎖 DNA (5'-(*CP*AP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP* CP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 6093.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP* TP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6190.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
21 mMdithiothreitol1drop
3200 mM1dropNaCl
410 mMTris-HCl1drop
5500 mMpotassium phosphate1reservoir
65 mM1reservoirMgCl2
71 mMADP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. obs: 22945 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.24→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 34.392 / SU ML: 0.598 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.604 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1191 5.2 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.275 21822 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.86 Å20 Å24.7 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----3.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5919 832 28 0 6779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6072.1349587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1813725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg30.826151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.5160.34771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3650.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.9120.3125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5740.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.14933621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.21165854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it17.80463368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it24.785103732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.24→3.32 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.404 70
Rwork0.322 1417
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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