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- PDB-1giu: A TRICHOSANTHIN(TCS) MUTANT(E85R) COMPLEX STRUCTURE WITH ADENINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1giu
タイトルA TRICHOSANTHIN(TCS) MUTANT(E85R) COMPLEX STRUCTURE WITH ADENINE
要素RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PROTEIN-SUB COMPLEX / TRICHOSANTHIN / TCS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / イレギュラー / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニン / Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guo, Q. / Liu, Y. / Dong, Y. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2003
タイトル: Substrate binding and catalysis in trichosanthin occur in different sites as revealed by the complex structures of several E85 mutants.
著者: Guo, Q. / Zhou, W. / Too, H.M. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Dong, Y. / Wong, K.B. / Shaw, P.C. / Rao, Z.
履歴
登録2001年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3302
ポリマ－27,1951
非ポリマー1351
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.0, 75.3, 78.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN


分子量: 27194.850 Da / 分子数: 1 / 変異: E85R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09989, RRNA-N-グリコシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.7
詳細: CaCl2, KCl, NaAC-HAC, pH 5.7, EVAPORATION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mg/mlprotein1drop
2100 mM1reservoirpH5.7NaOAc-HOAc
320 %1reservoirKCl
4100 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 21505 / Num. obs: 21401 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Num. unique all: 2062 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 1.8→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1001 -
Rwork0.21 --
all0.21 21505 -
obs0.21 20470 95.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 10 180 2105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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