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- PDB-1g8j: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS
要素(ARSENITE OXIDASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDASE (酸化酵素) / ARSENITE / MOLYBDOPTERIN (モリブドプテリン) / [3Fe-4S] CLUSTER / [2Fe-2S] CLUSTER / RIESKE
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒ酸レダクターゼ (アズリン) / arsenate reductase (azurin) activity / oxidoreductase complex / 細胞呼吸 / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / 3-layer Sandwich / Barwin-like endoglucanases / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Βバレル / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-MGD / 酸素 / Arsenite oxidase subunit AioB / Arsenite oxidase subunit AioA
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ellis, P.J. / Conrads, T. / Hille, R. / Kuhn, P.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the 100 kDa arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis in two crystal forms at 1.64 A and 2.03 A.
著者: Ellis, P.J. / Conrads, T. / Hille, R. / Kuhn, P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: The purification and characterization of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis, a molybdenum-containing hydroxylase
著者: Anderson, G.L. / Williams, J. / Hille, R.
履歴
登録2000年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARSENITE OXIDASE
B: ARSENITE OXIDASE
C: ARSENITE OXIDASE
D: ARSENITE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,83116
ポリマ－211,7024
非ポリマー4,12912
水23,4921304
1
A: ARSENITE OXIDASE
B: ARSENITE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9168
ポリマ－105,8512
非ポリマー2,0656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
2
C: ARSENITE OXIDASE
D: ARSENITE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9168
ポリマ－105,8512
非ポリマー2,0656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.710, 114.250, 108.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ARSENITE OXIDASE


分子量: 92057.500 Da / 分子数: 2 / 断片: LARGE SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: NCIB 8687 / 参照: UniProt: Q7SIF4
#2: タンパク質 ARSENITE OXIDASE


分子量: 13793.448 Da / 分子数: 2 / 断片: RIESKE SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: NCIB 8687 / 参照: UniProt: Q7SIF3

-
非ポリマー , 6種, 1316分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水 / 酸素


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物 ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %PEG60001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.797, 1.746, 1.742, 1.739, 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月30日
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7971
21.7461
31.7421
41.7391
50.981
反射解像度: 2.03→48.2 Å / Num. all: 131366 / Num. obs: 131366 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 513617
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
SHARP位相決定
CNS1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.03→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.223 6562 RANDOM
Rwork0.193 --
all-131085 -
obs-131085 -
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.5 Å20 Å21.8 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3---7.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14735 0 214 1304 16253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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