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- PDB-5jov: Bacteroides ovatus Xyloglucan PUL GH31 with bound 5FIdoF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jov
タイトルBacteroides ovatus Xyloglucan PUL GH31 with bound 5FIdoF
要素Alpha-xylosidase BoGH31A
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH31
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-D-xyloside xylohydrolase / alpha-D-xyloside xylohydrolase / symbiotic process benefiting host / xyloglucan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #380 / : / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain ...Jelly Rolls - #380 / : / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoro-alpha-L-idopyranose / NICKEL (II) ION / Alpha-xylosidase BoGH31A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Thompson, A.J. / Hemsworth, G.R. / Stepper, J. / Sobala, L.F. / Coyle, T. / Larsbrink, J. / Spadiut, O. / Stubbs, K.A. / Brumer, H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K00591X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I014802/1 英国
European Research Council322942 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2016
タイトル: Structural dissection of a complex Bacteroides ovatus gene locus conferring xyloglucan metabolism in the human gut.
著者: Hemsworth, G.R. / Thompson, A.J. / Stepper, J. / Sobala, F. / Coyle, T. / Larsbrink, J. / Spadiut, O. / Goddard-Borger, E.D. / Stubbs, K.A. / Brumer, H. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-xylosidase BoGH31A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7449
ポリマ－109,9381
非ポリマー8058
水26,4101466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area33610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.906, 108.448, 144.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Alpha-xylosidase BoGH31A / Glycosyl hydrolase family protein 31A / BoGH31A


分子量: 109938.469 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-954 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: BACOVA_02646 / プラスミド: pET-YSBL3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: A7LXT0, alpha-D-xyloside xylohydrolase
#5: 糖 ChemComp-B9D / 5-fluoro-alpha-L-idopyranose / (2R,3R,4R,5S,6R)-6-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol / 5-fluoro-alpha-L-idose / 5-fluoro-L-idose / 5-fluoro-idose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO6

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非ポリマー , 4種, 1473分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 14-20% (w/v) PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.28 Å / Num. obs: 193532 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xvg

2xvg


解像度: 1.5→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 2.297 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14702 9749 5 %RANDOM
Rwork0.10726 ---
obs0.10927 183662 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7658 0 48 1466 9172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.028176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.93911117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.966317153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35351018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14323.961414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.961151336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6441545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.611.6433869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.581.6423868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9712.4784852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9832.4784853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.641.9344303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.641.9344303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1882.796231
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.81616.91610903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.22514.8579891
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.326315604
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free45.6415379
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.644516432
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 711 -
Rwork0.238 12959 -
obs--95.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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