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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7y | |||||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 58KD VEGETATIVE LECTIN FROM THE TROPICAL LEGUME DOLICHOS BIFLORUS | |||||||||
要素 | STEM/LEAF LECTIN DB58 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / JELLY ROLL FOLD / LECTIN (レクチン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Buts, L. / Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Wyns, L. / Etzler, M.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Weak protein-protein interactions in lectins: the crystal structure of a vegetative lectin from the legume Dolichos biflorus. 著者: Buts, L. / Dao-Thi, M.H. / Loris, R. / Wyns, L. / Etzler, M. / Hamelryck, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallisation of two related lectins from the legume plant Dolichos biflorus 著者: Dao-Thi, M. / Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Koerber, F. / Burkow, V. / Poortmans, F. / Etzler, M. / Strecker, G. / Wyns, L. / Loris, R. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Carbohydrate binding, quaternary structure and a novel hydrophobic binding site in two legume lectins oligomers from Dolichos biflorus 著者: Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.-H. / Strecker, G. / Imberty, A. / Fernandez, E. / Wyns, L. / Etzler, M.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7y.cif.gz | 282.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7y.ent.gz | 230.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 27146.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TROPICAL LEGUME 由来: (天然) Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科) 生物種: Vigna unguiculata / 株: subsp. cylindrica / 参照: UniProt: P19588 |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-非ポリマー , 3種, 53分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5-7 mg/ml protein; 100mM sodium citrate; 8-12%(w/v) PEG(6000); 0.2-0.4M sodium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.98089 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98089 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 276382 / Num. obs: 259246 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS Num. all: 259246 / Num. obs: 59075 / Num. measured all: 276382 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: non-canonical legume lectin dimer (non-canonical half of a DBL tetramer) 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2558709.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.12 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 38.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.359 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.314 |