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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g63 | ||||||
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タイトル | PEPTIDYL-CYSTEINE DECARBOXYLASE EPID | ||||||
要素 | EPIDERMIN MODIFYING ENZYME EPID | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha / beta protein / Rossmann like fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Blaesse, M. / Kupke, T. / Huber, R. / Steinbac, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the peptidyl-cysteine decarboxylase EpiD complexed with a pentapeptide substrate. 著者: Blaesse, M. / Kupke, T. / Huber, R. / Steinbacher, S. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Molecular characterization of lantibiotic-synthesizing enzyme EpiD reveals a function for bacterial Dfp proteins in coenzyme A biosynthesis 著者: Kupke, T. / Uebele, M. / Schmid, D. / Jung, G. / Blaesse, M. / Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g63.cif.gz | 410.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g63.ent.gz | 338.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g63 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20845.031 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: TUE3298 / 遺伝子: EPID / プラスミド: PQE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P30197 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM MES/NaOH 30% MPD , pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.09 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月25日 / 詳細: Double focussing X-ray optics |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.09 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 213488 / Num. obs: 213488 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 5.8 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 24.8 / % possible all: 73.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 81936 / Num. measured all: 213488 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2538485.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood procedure
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.65 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.99 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 39.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.369 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.294 |