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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g5r | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ATP:CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM. APO FORM | ||||||
要素 | COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / P-loop protein / Cobalamin biosynthesis / RecA fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. / Bauer, C.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Three-dimensional structure of ATP:corrinoid adenosyltransferase from Salmonella typhimurium in its free state, complexed with MgATP, or complexed with hydroxycobalamin and MgATP. 著者: Bauer, C.B. / Fonseca, M.V. / Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Thompson, T.B. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g5r.cif.gz | 43.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g5r.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g5r_validation.pdf.gz | 426.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g5r_full_validation.pdf.gz | 431.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g5r_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g5r_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/1g5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/1g5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22081.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: COBA / 発現宿主: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: P31570, corrinoid adenosyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.5 詳細: 13% me-peg 350, 100 mM NaCl, 50 mM MES, pH 5.5, Batch, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.94290, 0.97939, 0.97960, 1.0205 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月1日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ID-19 optics / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 10494 / Num. obs: 10494 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 35.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 63 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.2 % / Num. unique obs: 698 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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