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- PDB-1g2f: STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2f
タイトルSTRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6)
要素
  • 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'
  • TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / phage display / zinc finger-DNA complex / TATA box (TATAボックス) / Cys2His2 / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to mycophenolic acid / cellular response to heparin / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to mycophenolic acid / cellular response to heparin / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / cellular response to organic substance / positive regulation of smooth muscle cell migration / skeletal muscle cell differentiation / locomotor rhythm / estrous cycle / T cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / response to glucose / long-term memory / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / response to insulin / cellular response to gamma radiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wolfe, S.A. / Grant, R.A. / Elrod-Erickson, M. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Beyond the "recognition code": structures of two Cys2His2 zinc finger/TATA box complexes.
著者: Wolfe, S.A. / Grant, R.A. / Elrod-Erickson, M. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: A General Strategy for Selecting High-Affinity Zinc Finger Proteins for Diverse DNA Target Sites
著者: Greisman, H.A. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Zif268 protein-DNA complex refined at 1.6 A: a model system for understanding zinc finger-DNA interactions
著者: Elrod-Erickson, M. / Rould, M.A. / Nekludova, L. / Pabo, C.O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Analysis of Zinc Fingers Optimized via Phage Display: Evaluating the Utility of a Recognition Code
著者: Wolfe, S.A. / Greisman, H.A. / Ramm, E.I. / Pabo, C.O.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'
C: TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
F: TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,24812
ポリマ－40,8556
非ポリマー3926
水4,089227
1
A: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'
C: TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6246
ポリマ－20,4283
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'
F: TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6246
ポリマ－20,4283
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.800, 104.800, 104.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-1101-

HOH

21F-1185-

HOH

31F-1301-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3'


分子量: 4980.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3'


分子量: 4815.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN


分子量: 10632.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY; / プラスミド: PET21D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P08046
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 400; NaCl; Bis-Tris Propane; CoCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2NaCl塩化ナトリウム11
3Bis-Tris Propane11
4CoCl211
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMprotein1drop
21.1 mMDNA1drop
3100 mMBis-Tris-propane1drop
430-35 %PEG4001reservoir
5100-200 mM1reservoirNaCl
610-50 mMBis-Tris propane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月15日 / 詳細: KOHZU double crystal monochromator
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochormator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 43331 / Num. obs: 43331 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.46 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rsym value: 7.4 / Net I/σ(I): 28.52
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.14 % / Mean I/σ(I) obs: 6.58 / Num. unique all: 3595 / Rsym value: 56.7 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 496779 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: Zif268

解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Xplor parameter set: param19.sol;parhcsdx.pro;dna-rna.param
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 4029 10 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all-43331 --
obs-40380 92.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 1300 6 227 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.081.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.472
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.572
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 585 10.3 %
Rwork0.365 5087 -
obs--78.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.376 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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