+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fuo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FUMARASE C WITH BOUND CITRATE | ||||||
要素 | FUMARASE C | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE (クエン酸回路) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / フマル酸ヒドラターゼ / fumarate metabolic process / malate metabolic process / クエン酸回路 / response to oxidative stress / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Weaver, T. / Banaszak, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystallographic studies of the catalytic and a second site in fumarase C from Escherichia coli. 著者: Weaver, T. / Banaszak, L. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Multisubunit Active Site of Fumarase C from Escherichia Coli 著者: Weaver, T.M. / Levitt, D.G. / Donnelly, M.I. / Stevens, P.P. / Banaszak, L.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fuo.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fuo.ent.gz | 151.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fuo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fuo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | TWO SUBUNITS OF FUMARASE C ARE PRESENT IN THE ASU. THE MOLECULE IS A TETRAMER AND TRANSFORMATION MATRIX/VECTOR FOR GENERATING THE OTHER 2 SUBUNITS IS GIVEN. IN ONE SUBUNIT RESIDUES 317 - 320 ARE MISSING DUE TO A BREAK IN THE ELECTRON DENSITY. THE CRYSTALLINE PROTEIN INCLUDES COORDINATES FOR A MALATE AND CITRATE OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY AND DESCRIBED FULLY IN THE BIOCHEMISTRY REFERENCE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50548.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PEFC001 / 遺伝子 (発現宿主): FUMARASE C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05042, フマル酸ヒドラターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RESIDUES IN AND AROUND THR 96, HIS 129, SER 139, HIS 188, THR 230, LYS 324, AND LEU 358 ARE ALL ...RESIDUES IN AND AROUND THR 96, HIS 129, SER 139, HIS 188, THR 230, LYS 324, AND LEU 358 ARE ALL INVOLVED IN CONTACTS DIRECTLY OR INDIRECTLY | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.98 Å / Num. obs: 69760 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.45 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.98→8 Å /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|