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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1frd | ||||||
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タイトル | MOLECULAR STRUCTURE OF THE OXIDIZED, RECOMBINANT, HETEROCYST (2FE-2S) FERREDOXIN FROM ANABAENA 7120 DETERMINED TO 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | HETEROCYST [2FE-2S] FERREDOXIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterocyst development / nitrogen fixation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobson, B.L. / Chae, Y.K. / Markley, J.L. / Rayment, I. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Molecular structure of the oxidized, recombinant, heterocyst [2Fe-2S] ferredoxin from Anabaena 7120 determined to 1.7-A resolution. 著者: Jacobson, B.L. / Chae, Y.K. / Markley, J.L. / Rayment, I. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1frd.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1frd.ent.gz | 20.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1frd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1frd_validation.pdf.gz | 367.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1frd_full_validation.pdf.gz | 368.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1frd_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1frd_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10826.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P11053 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: referred to 'Jacobson, B.L.', (1992) Arch. Biochem. Biophys., 294, 279-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.68 Å / 最低解像度: 9999 Å / % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→30 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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