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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fl9 | ||||||
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タイトル | THE YJEE PROTEIN | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / nucleotide-binding fold / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of the YjeE protein from Haemophilus influenzae: a putative Atpase involved in cell wall synthesis 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Tordova, M. / Thanki, N. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fl9.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fl9.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fl9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18268.768 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) プラスミド: PLASMID T7-HIS TAG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P44492 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M Tris, 1.5% PEG400, 1.5M ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.01 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 132000 / Num. obs: 132000 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Num. unique all: 1000 / % possible all: 90 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.158 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.22 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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