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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fj1 | |||||||||
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タイトル | LYME DISEASE ANTIGEN OSPA IN COMPLEX WITH NEUTRALIZING ANTIBODY FAB LA-2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / OSPA / LYME DISEASE (ライム病) / ANTIBODY FAB FRAGMENT / NEUTRALIZING EPITOPE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / cell outer membrane / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Ding, W. / Lawson, C.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural identification of a key protective B-cell epitope in Lyme disease antigen OspA. 著者: Ding, W. / Huang, X. / Yang, X. / Dunn, J.J. / Luft, B.J. / Koide, S. / Lawson, C.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fj1.cif.gz | 246.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fj1.ent.gz | 200.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fj1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an Fab/antigen complex composed of chains A, B, and F, or alternately C, D, and E |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23608.090 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 詳細: LA-2 HYBRIDOMA, GIFT OF M.M. SIMON, MAX PLANCK INSTUTUT, FREIBURG 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 22629.268 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: LA-2 HYBRIDOMA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 27682.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 株: B31 / プラスミド: PET9C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15 詳細: 100 mM sodium cacodylate, 100 mM sodium acetate, 10 % (w/v) PEG 3350, pH 6.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年5月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→20 Å / Num. all: 51741 / Num. obs: 221681 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.78 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Num. unique all: 5136 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 51741 / Num. measured all: 221681 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 5136 / Num. measured obs: 20967 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GAF, PDB ENTRY 1OSP 解像度: 2.68→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1428286.9 / Data cutoff high rms absF: 1428286.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.6764 Å2 / ksol: 0.318791 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→19.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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