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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f9s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PLATELET FACTOR 4 MUTANT 2 | ||||||
要素 | PLATELET FACTOR 4血小板第4因子 | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) / Platelet Factor 4 Mutant 2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / killing by host of symbiont cells / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity ...CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / killing by host of symbiont cells / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / defense response to protozoan / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of angiogenesis / 好中球 / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 凝固・線溶系 / cytokine-mediated signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of cell population proliferation / G alpha (i) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / cellular response to lipopolysaccharide / 炎症 / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure Comparison of Two Platelet Factor 4 Mutants with the Wild-type Reveals the Epitopes for the Heparin-induced Thrombocytopenia Antibodies 著者: Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f9s.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f9s.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chain A,B,C and D obeying approximately P222 symmetry |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7712.078 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02776 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 1000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 10165 / Num. obs: 10165 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique all: 506 / % possible all: 47.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.38→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 407005.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.64 Å2 / ksol: 0.258 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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