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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f24 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NO COMPLEX OF THR243ALA MUTANTS OF CYTOCHROME P450NOR | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitric oxide reductase / Cytochrome P450nor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase (NAD(P)H) activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fusarium oxysporum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu, H. / Park, S.-Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2000 タイトル: Mutation effects of a conserved threonine (Thr243) of cytochrome P450nor on its structure and function. 著者: Obayashi, E. / Shimizu, H. / Park, S.Y. / Shoun, H. / Shiro, Y. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Proton delivery in NO reduction by fungal nitric-oxide reductase. Cryogenic crystallography, spectroscopy, and kinetics of ferric-no complexes of wild-type and mutant enzymes 著者: Shimizu, H. / Obayashi, E. / Gomi, Y. / Arakawa, H. / Park, S.-Y. / Nakamura, H. / Adachi, S. / Shoun, H. / Shiro, Y. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of nitric oxide reductase from denitrifying fungus Fusarium oxysporum 著者: PARK, S.-Y. / Shimizu, H. / Adachi, S. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Nakahara, K. / Shoun, H. / Obayashi, E. / Nakamura, H. / Iizuka, T. / Shiro, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f24.cif.gz | 194.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f24.ent.gz | 159.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44259.473 Da / 分子数: 1 / 変異: T243A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / プラスミド: PRSET-C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P23295, 一酸化窒素レダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NO / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG3350, MES, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 詳細: Shimizu, H., (2000) J. Inorg. Biochem., 81, 191. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.6 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→10 Å / Num. all: 696775 / Num. obs: 76100 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Num. unique all: 10999 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 696775 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELX-97
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.139 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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