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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1equ | ||||||
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タイトル | TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EQUILIN COMPLEXED WITH NADP+ | ||||||
要素 | PROTEIN (ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / REDUCTASE (還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / catalytic activity / skeletal muscle tissue development / steroid binding / 骨 / 遺伝子発現 / NADP binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sawicki, M.W. / Erman, M. / Puranen, T. / Vihko, P. / Ghosh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Structure of the ternary complex of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 with 3-hydroxyestra-1,3,5,7-tetraen-17-one (equilin) and NADP+. 著者: Sawicki, M.W. / Erman, M. / Puranen, T. / Vihko, P. / Ghosh, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1equ.cif.gz | 124 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1equ.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1equ.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/1equ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/1equ | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bhsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.96803, 0.240107, -0.072577), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EQI / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: VAP. DIFF. FROM 28% PEG 4000 IN HEPES BUFFER, PH 7.5, CONTAINING 1 MM EQUILIN, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→99 Å / Num. obs: 11408 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 28469 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BHS 解像度: 3→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 詳細: THE EXTENDED LOOP REGION OF THE B SUBUNIT (186-200) WAS MODELED AFTER THE APO STRUCTURE EXTENDED LOOP
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.23 Å / Rfactor Rfree: 0.373 / Rfactor Rwork: 0.223 / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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