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- PDB-1ejw: CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 298K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 298K
要素
  • UREASE ALPHA SUBUNIT
  • UREASE BETA SUBUNIT
  • UREASE GAMMA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta barrel / nickel metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / ウレアーゼ / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / リボン / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pearson, M.A. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Wild-type Klebsiella aerogenes Urease at 298K
著者: Pearson, M.A. / Karplus, P.A.
履歴
登録2000年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7535
ポリマ－82,6363
非ポリマー1172
水7,314406
1
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子

C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子

C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,26015
ポリマ－247,9089
非ポリマー3526
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48310 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area54860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.8, 170.8, 170.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 UREASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 60409.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18314, ウレアーゼ
#2: タンパク質 UREASE BETA SUBUNIT


分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18315, ウレアーゼ
#3: タンパク質 UREASE GAMMA SUBUNIT


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18316, ウレアーゼ
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 59435 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
精密化解像度: 1.9→10 Å
RfactorSelection details
Rfree0.2 5% selected randomly
Rwork0.144 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 2 406 6198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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