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万見
- PDB-2kau: THE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kau
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • UREASE (ALPHA CHAIN)
  • UREASE (BETA CHAIN)
  • UREASE (GAMMA CHAIN)
キーワードHYDROLASE / NICKEL METALLOENZYME / HYDROLASE (UREA AMIDO)
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of urease from Klebsiella aerogenes.
著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Requirement of Carbon Dioxide for in Vitro Assembly of the Urease Nickel Metallocenter
著者: Park, I.-S. / Hausinger, R.P.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Urease from Jack Bean and from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Lee, M.H. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
履歴
登録1995年2月16日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE ACTIVE SITE AND BI-NICKEL METALLOCENTER ARE LOCATED IN CHAIN C AT THE C-TERMINUS OF THE ...SHEET THE ACTIVE SITE AND BI-NICKEL METALLOCENTER ARE LOCATED IN CHAIN C AT THE C-TERMINUS OF THE STRANDS IN AN ALPHA-BETA BARREL. THIS BARREL IS STRUCTURALLY HOMOLOGOUS TO THAT OF ADENOSINE DEAMINASE, A MONO-ZINC METALLOENZYME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE (GAMMA CHAIN)
B: UREASE (BETA CHAIN)
C: UREASE (ALPHA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3405
ポリマ－83,2233
非ポリマー1172
水3,873215
1
A: UREASE (GAMMA CHAIN)
B: UREASE (BETA CHAIN)
C: UREASE (ALPHA CHAIN)
ヘテロ分子

A: UREASE (GAMMA CHAIN)
B: UREASE (BETA CHAIN)
C: UREASE (ALPHA CHAIN)
ヘテロ分子

A: UREASE (GAMMA CHAIN)
B: UREASE (BETA CHAIN)
C: UREASE (ALPHA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,02015
ポリマ－249,6689
非ポリマー3526
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48300 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area55340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.800, 170.800, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO C 282 / 2: CIS PROLINE - PRO C 303 / 3: CIS PROLINE - PRO C 470
4: RESIDUE KCX C 217 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE ZETA-AMINO GROUP. IT COORDINATES NI C 774 THROUGH ITS TERMINAL O ATOMS
詳細THREE NONIDENTICAL CHAINS, GAMMA (A), BETA (B), AND ALPHA (C), FORM ONE (ABC)-UNIT. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE (ABC)-UNIT. THE GAMMA CHAIN WAS CHOSEN AS CHAIN A BECAUSE IT HAS SEQUENCE HOMOLOGY TO THE N-TERMINUS OF THE ONE-SUBUNIT JACK BEAN UREASES, WHEREAS THE K. AEROGENES ALPHA CHAIN C HAS SEQUENCE HOMOLOGY TO THE C-TERMINUS OF JACK BEAN UREASE. THREE UNITS (A, B, C) PACK TIGHTLY AT THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD TO FORM A TRIMER OF TRIMERS OBSERVED IN SOLUTION. SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. TRIMER 2 OF TRIMER OF TRIMERS APPLIED TO RESIDUES: A 1 .. A 100 SYMMETRY1 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: B 1 .. B 101 SYMMETRY1 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: C 1 .. C 767 SYMMETRY1 3 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 TRIMER 3 OF TRIMER OF TRIMERS APPLIED TO RESIDUES: A 1 .. A 100 SYMMETRY1 4 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: B 1 .. B 101 SYMMETRY1 5 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: C 1 .. C 767 SYMMETRY1 6 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 6 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 6 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 UREASE (GAMMA CHAIN)


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREC / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18316, urease
#2: タンパク質 UREASE (BETA CHAIN)


分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREB / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE (ALPHA CHAIN)


分子量: 60409.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREA / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18314, urease
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE KCX C 217 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE ZETA-AMINO GROUP.
非ポリマーの詳細NI C 774 IS COORDINATED BY ND1 HIS C 246, NE2 HIS C 272, AND O1 LYS C 217 IN A PSEUDO TETRAHEDRAL ...NI C 774 IS COORDINATED BY ND1 HIS C 246, NE2 HIS C 272, AND O1 LYS C 217 IN A PSEUDO TETRAHEDRAL GEOMETRY WITH AN EMPTY FOURTH SITE. NI C 775 IS COORDINATED BY NE2 HIS C 134, NE2 HIS C 136, OD1 ASP C 360, O LYS C 217, AND O HOH 1 IN A ROUGHLY TRIGONAL BIPYRAMIDAL OR SQUARE PYRAMIDAL GEOMETRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMHEPES1reservoir
21.6 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 58334 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 386731 / Rmerge(I) obs: 0.089

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SDMSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 308 - 335 IN CHAIN C HAVE HIGH B-FACTORS. THEY CORRESPOND TO A MOBILE LOOP NEAR THE ACTIVE SITE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 --
Rwork0.185 --
obs0.185 55572 94.6 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5787 0 2 215 6004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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