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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1egn | |||||||||
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タイトル | CELLOBIOHYDROLASE CEL7A (E223S, A224H, L225V, T226A, D262G) MUTANT | |||||||||
要素 | 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE CEL7A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / CELLULASE (セルラーゼ) / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) / PH-MUTANT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hypocrea jecorina (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Stahlberg, J. / Harris, M. / Jones, T.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001 タイトル: Engineering of a glycosidase Family 7 cellobiohydrolase to more alkaline pH optimum: the pH behaviour of Trichoderma reesei Cel7A and its E223S/ A224H/L225V/T226A/D262G mutant. 著者: Becker, D. / Braet, C. / Brumer III, H. / Claeyssens, M. / Divne, C. / Fagerstrom, B.R. / Harris, M. / Jones, T.A. / Kleywegt, G.J. / Koivula, A. / Mahdi, S. / Piens, K. / Sinnott, M.L. / ...著者: Becker, D. / Braet, C. / Brumer III, H. / Claeyssens, M. / Divne, C. / Fagerstrom, B.R. / Harris, M. / Jones, T.A. / Kleywegt, G.J. / Koivula, A. / Mahdi, S. / Piens, K. / Sinnott, M.L. / Stahlberg, J. / Teeri, T.T. / Underwood, M. / Wohlfahrt, G. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: The Three-dimensional Crystal Structure of the Catalytic Core of Cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei 著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Reinikainen, T. / Ruohonen, L. / Pettersson, G. / Knowles, J.K. / Teeri, T.T. / Jones, T.A. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Activity Studies and Crystal Structures of Catalytically Deficient Mutants of Cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei 著者: Stahlberg, J. / Divne, C. / Koivula, A. / Piens, K. / Claeyssens, M. / Teeri, T.T. / Jones, T.A. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: High-resolution Crystal Structures Reveal how a Cellulose Chain is Bound in the 50a Long Tunnel of Cellobiohydrolase i from Trichoderma reesei 著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Teeri, T.T. / Jones, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1egn.cif.gz | 96.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1egn.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1egn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45991.680 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434 / 変異: E223S, A224H, L225V, T226A, D262G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / プラスミド: PEM-F5 / 発現宿主: Hypocrea jecorina (菌類) 参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) | ||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium acetate, PEG 5000 monomethyl-ether, glycerol, sodium morpholine-ethane-sulphonic acid, cobalt chloride , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.905 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.905 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 50885 / Num. obs: 50885 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 50924 / % possible obs: 100 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.24 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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