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- PDB-1egc: STRUCTURE OF T255E, E376G MUTANT OF HUMAN MEDIUM CHAIN ACYL-COA D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1egc
タイトルSTRUCTURE OF T255E, E376G MUTANT OF HUMAN MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH OCTANOYL-COA
要素MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
キーワードELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / ACYL-COA DEHYDROGENASE (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid catabolic process / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / carnitine metabolic process, CoA-linked / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / carnitine biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain fatty acid metabolic process ...medium-chain fatty acid catabolic process / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / carnitine metabolic process, CoA-linked / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / carnitine biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain fatty acid metabolic process / acyl-CoA dehydrogenase activity / cardiac muscle cell differentiation / glycogen biosynthetic process / regulation of gluconeogenesis / fatty acid beta-oxidation / response to starvation / response to cold / post-embryonic development / liver development / ミトコンドリア / PPARA activates gene expression / flavin adenine dinucleotide binding / ミトコンドリアマトリックス / 神経繊維 / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal ...Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / フラビンアデニンジヌクレオチド / Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, H.J. / Wang, M. / Paschke, R. / Nandy, A. / Ghisla, S. / Kim, J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of the wild type and the Glu376Gly/Thr255Glu mutant of human medium-chain acyl-CoA dehydrogenase: influence of the location of the catalytic base on substrate specificity.
著者: Lee, H.J. / Wang, M. / Paschke, R. / Nandy, A. / Ghisla, S. / Kim, J.J.
履歴
登録1996年4月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
C: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
D: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,32412
ポリマ－174,6074
非ポリマー6,7178
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23180 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area53610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.000, 170.000, 149.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE


分子量: 43651.762 Da / 分子数: 4 / 変異: T255E, E376G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH OCTANOYL-COA / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11310, EC: 1.3.99.3
#2: 化合物
ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA / Octanoyl-CoA


分子量: 893.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1140 mMTris acetate1drop
28.0 %(w/v)PEG40001drop
350 %PEG40001reservoir
4enzyme1drop0.027mg

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月8日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 51243 / % possible obs: 70.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. measured all: 137635 / Rmerge(I) obs: 0.1018

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
R-AXISIICデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.217 -
obs0.217 51243
原子変位パラメータBiso mean: 16.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11960 0 440 252 12652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.162 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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