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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1djm | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF BEF3-ACTIVATED CHEY FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | CHEMOTAXIS PROTEIN Y走化性 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BEFX / CHEY / RESPONSE REGULATOR / CHEMOTAXIS (走化性) / TWO-COMPONENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Cho, H.S. / Lee, S.Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: NMR structure of activated CheY. 著者: Cho, H.S. / Lee, S.Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Beryllofluoride Mimics Phosphorylation of NtrC and Other Bacterial Response Regulators 著者: Yan, D. / Cho, H.S. / Hastings, C.A. / Igo, M.M. / Lee, S.Y. / Pelton, J.G. / Stewart, V. / Wemmer, D.E. / Kustu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1djm.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1djm.ent.gz | 901 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1djm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14112.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 972 NON-TRIVIAL NOE RESTRAINTS (213 INTRA RESIDUE, 271 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM-RANGE, AND 250 LONG-RANGE). 78 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 17 CHI1 ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 972 NON-TRIVIAL NOE RESTRAINTS (213 INTRA RESIDUE, 271 SEQUENTIAL, 238 MEDIUM-RANGE, AND 250 LONG-RANGE). 78 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 17 CHI1 RESTRAINTS WERE USED. 47 HYDROGEN BONDS ( 94 UPPER AND LOWER DISTANCE RESTRAINTS) WERE USED IN LATER STAGES OF REFINEMENT. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 27 |