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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1di8 | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 (CDK2) IN COMPLEX WITH 4-[3-HYDROXYANILINO]-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLINE | ||||||
要素 | CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE / CELL CYCLE / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Shewchuk, L. / Hassell, A. / Kuyper, L.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000 タイトル: Binding mode of the 4-anilinoquinazoline class of protein kinase inhibitor: X-ray crystallographic studies of 4-anilinoquinazolines bound to cyclin-dependent kinase 2 and p38 kinase. 著者: Shewchuk, L. / Hassell, A. / Wisely, B. / Rocque, W. / Holmes, W. / Veal, J. / Kuyper, L.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1di8.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1di8.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1di8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1di8_validation.pdf.gz | 685.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1di8_full_validation.pdf.gz | 694.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1di8_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1di8_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1di8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1di8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): T.NI / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: P24941, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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#2: 化合物 | ChemComp-DTQ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20MM HEPES, 1MM EDTA, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 17097 / Num. obs: 14980 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 36 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 160386 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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