+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dht | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED DIHYDROTESTOSTERONE | ||||||
要素 | ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / STEROID (ステロイド) / DIHYDROTESTOSTERONE (ジヒドロテストステロン) / DHT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / catalytic activity / skeletal muscle tissue development / steroid binding / 骨 / 遺伝子発現 / NADP binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Han, Q. / Campbell, R.L. / Gangloff, A. / Lin, S.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Dehydroepiandrosterone and dihydrotestosterone recognition by human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase. C-18/c-19 steroid discrimination and enzyme-induced strain. 著者: Han, Q. / Campbell, R.L. / Gangloff, A. / Huang, Y.W. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dht.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dht.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/1dht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/1dht | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA胎盤 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-DHT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 1997年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 14692 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.041 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.24 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Num. measured all: 39772 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1IOL 解像度: 2.24→8 Å / Data cutoff high absF: 2.24 / Data cutoff low absF: 8 / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.24 Å / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|