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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d1y | ||||||
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タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH 1,3-PBITU (H4B FREE) | ||||||
要素 | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALPHA-BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / calmodulin binding / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G.J. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Implications for isoform-selective inhibitor design derived from the binding mode of bulky isothioureas to the heme domain of endothelial nitric-oxide synthase. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Babu, B.R. / Griffith, O.W. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: a Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d1y.cif.gz | 190.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d1y.ent.gz | 148.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 8種, 338分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-ZN / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, CACODYLATE, MAGNESIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49094 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / % possible all: 93.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 144710 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→30.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2338332.77 / Data cutoff high rms absF: 2338332.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: B FACTORS IN THIS STRUCTURE ARE HIGHER THAN NORMAL. RESIDUES 39 TO 66 OF MOLECULE A AND RESIDUES 39 TO 68 IN MOLECULE B ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUES 108-120 ARE ...詳細: B FACTORS IN THIS STRUCTURE ARE HIGHER THAN NORMAL. RESIDUES 39 TO 66 OF MOLECULE A AND RESIDUES 39 TO 68 IN MOLECULE B ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUES 108-120 ARE DISORDERED, BUT THE TENTATIVE MODEL WAS INCLUDED IN THE REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.35 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 4.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 50.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.42 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.446 |