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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0k | |||||||||
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タイトル | THE ESCHERICHIA COLI LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT35 IN COMPLEX WITH TWO MURODIPEPTIDES (GLCNAC-MURNAC-L-ALA-D-GLU) | |||||||||
要素 | 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA-HELICAL PROTEIN WITH A FIVE-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET / GLYCOSYLTRANSFERASE / EF-HAND | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lytic endotransglycosylase activity / : / lytic transglycosylase activity / sodium ion binding / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.02 Å | |||||||||
データ登録者 | van Asselt, E.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan. 著者: van Asselt, E.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d0k.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d0k.ent.gz | 65.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d0k_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d0k_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1d0k_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d0k_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36079.660 Da / 分子数: 1 / 変異: L40M, L41V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41052 |
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#2: 多糖 |
-非ポリマー , 5種, 368分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THREE DOMAIN STRUCTURE: ALPHA DOMAIN WITH RESIDUES 40-98, 170-215, BETA DOMAIN WITH RESIDUES 270- ...THREE DOMAIN STRUCTURE: ALPHA DOMAIN WITH RESIDUES 40-98, 170-215, BETA DOMAIN WITH RESIDUES 270-329, CORE DOMAIN WITH RESIDUES 109-169, 216-269, 330-361. |
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非ポリマーの詳細 | THE COORDINATES CONTAIN A MURODIPEPTIDE: (GLCNAC-MURNAC-L-ALA-D-GLU). MURODIPEPTIDE A (RESIDUES 401- ...THE COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: BICINE-NAOH, ISOPROPANOL, PEG20K, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
結晶化 | *PLUS |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.1 M / 一般名: bicine-NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→23.2 Å / Num. all: 108180 / Num. obs: 26200 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 108180 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.02→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 12
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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