+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d07 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DEHALOGENASE / LINDANE / BIODEGRADATION (生分解) / ALPHA/BETA-HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / ペリプラズム 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sphingomonas paucimobilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Marek, J. / Vevodova, J. / Damborsky, J. / Smatanova, I. / Svensson, L.A. / Newman, J. / Nagata, Y. / Takagi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26. 著者: Marek, J. / Vevodova, J. / Smatanova, I.K. / Nagata, Y. / Svensson, L.A. / Newman, J. / Takagi, M. / Damborsky, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Haloalkane Dehalogenase Linb from Sphingomonas Paucimobilis Ut26 著者: Smatanova, I. / Nagata, Y. / Svensson, L.A. / Takagi, M. / Marek, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d07.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1d07.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d07.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d07 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33144.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア) 株: UT26 / プラスミド: PMYLB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P51698, UniProt: D4Z2G1*PLUS, haloalkane dehalogenase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 19% (W/V) PEG 6000, 100 MM TRIS-HCL, 200MM CA ACETATE, PH=8.9 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. CRYSTAL WAS SOAKED 4 HOURS IN RESERVOIR LIQUOR WITH 25MM 1,3-DIBROMPROPANE AT 278K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 16801 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 7.67 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 12.37 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 7.64 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.55 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.113 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.289 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CV2 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Num. parameters: 1036 / Num. restraintsaints: 971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER: J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2574
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor all: 0.18 / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|