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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1czp | ||||||
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タイトル | ANABAENA PCC7119 [2FE-2S] FERREDOXIN IN THE REDUCED AND OXIXIZED STATE AT 1.17 A | ||||||
要素 | FERREDOXIN I | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / [2FE-2S] PROTEIN / CRYSTAL REDUCED WITH DITHIONITE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å | ||||||
データ登録者 | Morales, R. / Charon, M.H. / Frey, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Refined X-ray structures of the oxidized, at 1.3 A, and reduced, at 1.17 A, [2Fe-2S] ferredoxin from the cyanobacterium Anabaena PCC7119 show redox-linked conformational changes. 著者: Morales, R. / Charon, M.H. / Hudry-Clergeon, G. / Petillot, Y. / Norager, S. / Medina, M. / Frey, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1czp.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1czp.ent.gz | 75.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1czp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1czp_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1czp_full_validation.pdf.gz | 434.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1czp_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1czp_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/1czp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/1czp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10705.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7119 / 参照: UniProt: P0A3C8 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 % 解説: REDUCED CRYSTAL WITH SODIUM DITHIONITE IN ANAEROBIC ATMOSPHERE | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 MM SODIUM SUCCINATE PH 5.5, 2.6 M AMMONIUM SULFATE, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.75 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.75 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.17→30 Å / Num. all: 67690 / Num. obs: 67690 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.17→1.22 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 89.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 67611 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FXA 解像度: 1.17→15 Å / Num. parameters: 1756 / Num. restraintsaints: 2142 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 StereochEM target val spec case: [2FE-2S] CLUSTERS NOT RESTRAINED 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST. 28 (1995) 53-56. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED R-FREE (NO CUTOFF) BY 4 %
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.17→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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